Sayburç, Doğu Torosların güney eteklerinde, dağlık topografyanın geniş düzlüklere kavuştuğu eşik bölgesinde, Harran Ovası’nı çevreleyen platonun üzerinde yer almaktadır. Fırat Nehri’nin 60 km kadar doğusunda bulunan yerleşme, Şanlıurfa kent merkezinin 20 km kadar güneybatısındadır.
Sayburç, Şanlıurfa platosundaki diğer çağdaşları gibi Eosen kökenli kireçtaşı tepelerin üstünde yer almaktadır (Resim 1). Neolitik yerleşme biri kuzeyde görece yüksek diğeri güneyde alçak iki tepe üzerinde gelişmiştir (Resim 2). Batıda diğerlerinden ayrı üçüncü bir tepe daha söz konusudur; Neolitik kalıntıların bulunmadığı bu tepede Roma Döneminde açılan taş ocakları, mağaralar ve sarnıçlar bulunmaktadır. Esas Roma yerleşmesi ise kuzeydeki Neolitik dolgunun üzerinde gelişmiştir. Roma ile ilişkili unsurlara yerleşmenin kuzeydoğusundaki tepenin üzerinde de rastlanmaktadır.