2021 yılından itibaren başlayan ikinci dönem araştırmaları, modern iskanın olmadığı Gürcütepe III'ün batısında yoğunlaşmıştır. 10x10 m'lik plankare sistemi içinde, höyüğün en yüksek noktasında altı açma açılmış ve iki tabaka belirlenmiştir. Tarım toprağının hemen altındaki 1. Tabakada kısmen korunmuş, taş temelli ve geniş odalı yapılara dair kanıtlar tespit edilmiştir. Evlerin arasındaki açık alanlarda, evlere yakın konumda ocaklar, çöplük ve aynı alana uzun süre yapılmış, alt yüzü yanık taşlarla dolu pişirme çukurları bulunmuştur. Söz konusu açık alanlar, aynı zamanda işlik olarak da kullanılmıştır. Nitekim bazıları yarım bırakılmış kireç taşı figürinler, falluslar, çeşitli taşlardan yapılmış ağırlıklar, bilezikler, boncuklar, kaplar, yongalanmış diskler, paletler, baltalar, havanlar ve havanellerinin yanı sıra bu alanda yoğun evsel ve zanaat faaliyetlerine işaret eden yontma taş unsurlar ele geçmiştir.